Hola, que tal
No creo que puedas añadir datos a un archivo Excel que ya exista, pero puedes hacerlo de otra manera:
Puedes leer un excel con PHPExcel o simplemente o si es formato CSV , pues más sencillo.
Lo primero que haria sería leer los datos del excel y guardarlos en un array, o similar.
Despúes lee los datos que quieres añadir en ese mismo array y los cargas a ese array.
Y finalmente crea un nuevo archivo de Excel con todos los datos que tienes en el array, por lo que tendrás el excel completo como si lo hubieses añadido al final del otro.
Saludos,