Buenas,
por partes, puedes encriptar el codigo php, por ejemplo, que está en el lado servidor, para esto tienes multiples encriptadores y ofuscadores, el mas famoso es ion_cube, pero tienes cientos de ellos.
Para js, javascript, que es el codigo que va a ver el usuario final (además del html y css) puedes ofuscarlo y llamarlo luego desde donde quieras, o bien por el nombre d ela función o bien al fichero que tengas el codigo ofuscado.