Buenas,
Pues basicamente si tienes linux puedes hacerlo con los siguientes comandos desde el bash, de minuscula a mayuscula puedes hacerlo asi
for f in *; do mv "$f" "$(echo "$f" | tr '[:lower:]' '[:upper:]')"; done
o asi si quiers hacerlo al contrario , de mayuscula a minuscula ,
for f in *; do mv "$f" "$(echo "$f" | tr '[:upper:]' '[:lower:]')"; done